לכלוך ומשקעים המצטברים במאגרי המים הינם מצע מצויין לגידול חיידקים, ולכן בכדי לשמור על איכות המים משרד הבריאות דורש ניקוי וחיטוי תקופתי למאגר המים, את המאגר יש לנקות ולחטא אחת לשנה, חשוב לציין שאת העבודה יעשה בעל מקצוע מוסמך מטעם משרד הבריאות, לראיה תבקשו להציג תעודה (כרטיס מגנטי) המעיד על כך, "אחזקת מע' מי שתיה".
